Compilar los programas es algo que para los que vengáis del mundo windows os será nuevo porque lo hace el programador, no el usuario. Compilar es pasar de un lenguaje de alto nivel (C, C++, Visual Basic, etc) en el que el programador ha creado el programa, a un archivo ejecutable.
En linux sucede que cada distribución suele tener un programa que se encarga de buscar los programas que quieres instalar, descargarlos e instalarlos en pocos segundos, pero no siempre encuentra el programa o la versión que buscas, asi que alguna vez toca ir a la web y descargar el programa.
Cuando descargas un programa para linux es posible que lo encuentres en dos formatos, el primero, un instalador para tu distribución (*.rpm, *.deb, etc) muy facil de instalar con un doble click o tambien puedes encontrarlo en el formato en el que el programador lo hizo y comprimido (normalmente *.tar.gz). este ultimo formato es el que se descarga y se compila.
el archivo.tar.gz es un archivo comprimido, se descomprime en una carpeta, se accede como root a esa carpeta, se ejecuta un archivo que se llama configure y luego ejecutamos make y a continuación make install , con esto ya deberiamos tener instalado el programa.
antes de ejecutar el configure, make y make install, hay que leer un documento que se suele llamar readme o install, donde encontraras instrucciones especificas de la instalación.
Para todo aquel que quiera compilar sus programas en linux, aqui dejo un par de enlaces que os pueden interesar, el primero es para ubuntu , y el segundo es algo mas generico, sin embargo para los que no teneis ubuntu o debian recomiendo que leais los dos: uno y dos
